Трудовую деятельность Борис Иванович Никонов начал в санэпидстанции города Серова, неоднократно избирался депутатом Серовского городского Совета народных депутатов. Около двух десятилетий проводил плодотворную работу по решению важных вопросов оздоровления окружающей среды города. Было начато строительство газоочистных сооружений завода ферросплавов, станции обезжелезивания питьевой воды на пос.Энергетиков, строительство городских очистных сооружений механической очистки сточных вод с дальнейшим переходом к очистным сооружениям биологической очистки, проведен ряд крупнейших природоохранных мероприятий на металлургическом заводе, решены вопросы улучшения материальной базы загородных оздоровительных лагерей и детских дошкольных учреждений.
С 1985 года Никонов Б.И. является Главным Государственным санитарным врачом по Свердловской области, принципиально изменив деятельность санитарно-эпидемиологической службы области. Первыми в стране специалисты центров Госсанэпиднадзора области организовали систему социально-гигиенического мониторинга: систему наблюдения за состоянием здоровья людей и среды обитания, их анализа, оценки и прогноза.
В настоящее время на территории Свердловской области по инициативе и под руководством Бориса Ивановича реализуется 512 программ по улучшению санитарно-эпидемиологической обстановки в городах и поселках.
В городе Серове реализуется комплексная экологическая программа: это строительство газоочистных сооружений завода ферросплавов, золоотвала Серовской ГРЭС, полигона твердо-бытовых отходов, ведется реконструкция металлургического производства металлургического завода, обустройство родников на территории города на благо и здоровье жителей города Серова.